A ce jour, 247 espèces d'amphibiens ont été décrites et sont reconnues à Madagascar. Sur le plan systématique, toutes sont rattachées à l'ordre des Anoures et se distribuent dans quatre famille : Hyperoliidae, Mantellidae, Microhylidae et Ranidae. Cet ensemble présente une diversité adaptative remarquable, se manifestant par des traits d'histoire de vie variés. L'originalité des stratégies reproductives, tel que le développement direct, la disparité des chants nuptiaux et l'atypisme de certains habitats de développement larvaire font de ce groupe un formidable exemple de diversité des mécanismes bio-écologiques du vivant.
Concernant l'ensemble des reptiliens, 346 espèces sont actuellement reconnues à Madagascar, se répartissant dans huit familles distinctes : Colubridae, Boidae, Typhlopidae, Hydrophidae, Opluridae, Scincidae, Gerrhosauridae, Gekkonidae et Chameleonidae. Chez ces groupes aussi, la pluralité des stratégies adaptives constitue un modèle extraordinaire de diversité. Les solutions variées apportées aux contraintes physiologiques de l'ectothermie, les divergences de mode de reproduction et de statégies alimentaires offrent chez ces organismes un champ prodigieux d'investigations scientifiques.
Par ailleurs, les travaux actuels de systématique contribuent à l'élargissement et la réorganisation de la structure phylogénétique des ces ensembles, sur la base d'études phylogéographiques, génétiques et biométriques générales. Ainsi, de nouveaux taxons sont régulièrement décrits et validés, tandis que certains clades font l'objet de remaniement parfois profonds. Cet état de fait concoure pour tout ou partie aux difficultés rencontrées par les herpétologues du monde entier dans l'identification de l'herpétofaune locale.
